Cuando Manco Inca ingresó al Cusco junto con los conquistadores, tuvo que soportar los maltratos de Juan y Gonzalo Pizarro, que se encontraban al mando en esa ciudad. Manco Inca trató de huir, pero fue capturado por Hernando Pizarro. Advirtió que Hernando era tan ambicioso como sus hermanos. Le comentó que él sabía dónde estaban las estatuas de oro de los incas y que podía dárselas si lo dejaba salir del Cusco para buscarlas. Hernando le creyó y el inca pudo al fin escapar de su prisión y refugiarse en el valle de Yucay.
El cerco del Cusco
Una vez libre, Manco Inca formó un gran ejército de nativos y se dirigió al Cusco. El 3 de mayo de 1536 logró cercar la ciudad. Hernando Pizarro, al mando de 200 españoles y gran cantidad de indígenas aliados, decidió defender el Cusco a cualquier precio. El ejército de Manco Inca incursionó en la ciudad incendiando los tejados y cortando toda fuente de abastecimiento de alimentos con destino al Cusco.
La lucha por Sacsayhuamán
La situación de los conquistadores empeoró cuando una avanzada de las tropas de Manco Inca tomó la fortaleza de Sacsayhuamán, desde donde se dominaba toda la ciudad del Cusco. Los españoles lograron recuperar la fortaleza el 16 de mayo de 1536. En el intento, murió uno de los hermanos del conquistador del Perú, Juan Pizarro, así como el jefe quechua conocido como Cahuide.
El sitio de Lima
Desde Lima, Francisco Pizarro mandó expediciones para apoyar a sus hermanos en el Cusco, pero fueron vencidas en el camino por las tropas de Manco Inca. En agosto de 1536, uno de los generales de Manco Inca, Titu Yupanqui, al mando de miles de nativos tomó el cerro San Cristóbal y sitió Lima. Francisco Pizarro encabezó la defensa de la ciudad y logró derrotar a Titu Yupanqui cuando este intentaba tomar la Plaza de Armas. El jefe quechua murió en la batalla y sus hombres se dispersaron de manera desordenada, alejándose así de la capital. Francisco Pizarro envió entonces a Alonso de Alvarado -quien venía desde Chachapoyas- a socorrer a sus hermanos en el Cusco.
Pizarro logró derrotar a Titu Yupanqui porque contó con el apoyo de numerosos indígenas que colaboraban con los españoles en la defensa de Lima. Al respecto, no debemos olvidar que el Tahuantinsuyo estaba formado por una variedad de pueblos unidos por relaciones de parentesco o reciprocidad con el inca, aunque algunos prefirieron librarse de la dominación inca aliándose con los españoles.
El final de la rebelión de Manco inca
Mientras esto sucedía en Lima, Manco Inca mantenía el cerco del Cusco. Sin embargo, conforme pasaba el tiempo, la situación se hacía más complicada. Los alimentos comenzaron a faltar y la mayor parte de indígenas quería regresar a sus campos para atender sus tareas agrícolas. A esto se sumó la noticia de la llegada de refuerzos para los españoles desde Lima y el regreso de Almagro el Viejo de su frustrada expedición a Chile -quien, como se ha visto en otra entrega, tomó el Cusco y apresó a Hernando y Gonzalo Pizarro, además de vencer sorpresivamente a Alvarado, quien venía en auxilio de los Pizarro-. Por ello, Manco Inca se vio obligado a levantar el cerco del Cusco y refugiarse en la ciudadela de Vilcabamba. Desde allí, el inca organizó una serie de expediciones de hostigamiento contra los españoles, pero ninguna de ellas tuvo la magnitud del encuentro de 1536.
Muerte de Manco Inca
Para salvarse de las represiones de los Pizarro tras las batallas de Chupas, varios almagristas buscaron refugio en las montañas de Vilcabamba; ofreciendo sus servicios a Manco Inca; quien les brindó generoso asilo en su propia fortaleza.
Sin reconocer la hidalguía de aquel gesto, los refugiados tramaron, tiempo después el asesinato del, luego tomando como pretexto diferencia en el juego de herrón, cayeron sobre Manco Inca siete almagristas, atravesándolo a puñaladas. Los asesinos emprendieron fuga pero fueron alcanzados por la escolta del inca, a quienes dieron muerte.El joven rey tuvo una larga agonía, pero aún así ordenó proseguir la lucha, muriendo luego en 1536.
